Die Anfänge des Klosters Allerheiligen sind das Musterbeispiel einer spätromanischen Klosterkirche (frühes 13. Jahrhundert) unter dem Einfluss der aufkommenden Gotik. Der Grundriss der dreischiffigen Basilika mit Querhäusern, Vierungsturm und rechteckigem Hauptchor ist dem quadratischen Schematismus der Romanik verpflichtet.
Die Klosterkirche von Allerheiligen gilt auch als Wegbereiterin für die frühe Gotik in Deutschland. Der Bau zeigt, wie der neue, gotische Stil kurz vor der Mitte des 13. Jahrhunderts von Frankreich auf die rechte Seite des Rheins übergreift.
Frühgotik:
Um 1250 entstehen Chor, Vierung (Schnittpunkt zwischen Lang- und Querhaus) und Querhaus der Kirche und der Ostflügel des Klosters. Gotische Stilmerkmale weisen die Kleeblattbogennischen des Chors auf und die unverzierten Kelchkapitelle und Tellerbasen der Säulen.
Das Langhaus wird als Basilika erbaut: ein Mittelschiff mit zwei niedrigen Seitenschiffen, durch die Fenster in den oberen Wänden des Mittelschiffs kann Licht in die Kirche fallen. Hochgotische Stifterfiguren der Gründerin und des ersten Abts befinden sich heute an der Fassade der Fürstenkapelle in Lichtental / Baden-Baden. Anfang 14. Jahrhundert sind Kirche und Kloster fertiggestellt.
Spätgotik:
Das beim Brand 1470 zerstörte Langhaus der Kirche wird im spätgotischen Stil als dreischiffige Halle mit erhöhten Seitenschiffen wiederaufgebaut. Noch heute kann man die weitgespannten Bögen zum südlichen und die Pfeileransätze zum nördlichen Seitenschiff erkennen. Der Kapitelsaal und der Kreuzgang wurden neu gestaltet.
Barock:
Im späten 17. und im 18. Jahrhundert gestaltete man, in Nachfolge der Gegenreformation, die u.a. von den Prämonstratensern umgesetzt wurde, Kloster und Kirche barock aus: Auch in den Kirchen zeigte sich die barocke Neigung, alles zum Theater zu machen und mit Illusionsmalerei die Grenzen zwischen Sein und Schein zu verwischen. Der prunkvolle Altar bildete die Kulisse für die Liturgie, die Feier der Messe wird zum "himmlischen Theater". Malerei, Stuckaturen, Architektur, Holzschnittkunst und Plastik verbinden sich zum barocken Gesamtkunstwerk. Der frühere Kreuzaltar des Klosters Allerheiligen steht heute als Hochaltar in Peterstal.