Der Bauernkrieg setzte der Klosterblüte ein jähes Ende: Am 26. April 1525 wurde Kloster Lorch von den als "Gaildorfer Haufen" versammelten Bauern eingenommen, am 3. Mai in Brand gesetzt. Die kostbare Bibliothek wurde fast vollständig vernichtet, das Kloster geplündert und die Mönche verjagt. Der letzte große Abt, Laurentius Autenrieth (1525-1549), setzte das Kloster zwar wieder instand, es erreichte jedoch seinen einstigen Rang nicht mehr.
Gegen den Willen von Abt und Mönchen führte Herzog Ulrich von Württemberg 1535 die Reformation in Kloster Lorch ein. Die meisten Mönche verweigerten den Übertritt zum evangelischen Glauben. Ihnen blieb nur die Wahl zwischen der Übersiedlung nach Kloster Maulbronn und der Zwangsausweisung aus dem Kloster. Während des so genannten Augsburger Interims 1548 wurde Kloster Lorch den Mönchen zurückgegeben.
1556 hob Herzog Christoph von Württemberg das Kloster erneut auf und richtete dort eine evangelische Klosterschule zur Ausbildung von Pfarrern ein. Sie wurde schon 1584 aus Kostengründen wieder geschlossen. Während des Dreißigjährigen Krieges konnte Lorch mit Benediktinermönchen aus St. Blasien besiedelt werden. Nach Abschluss des Westfälischen Friedens 1648 wurde Lorch endgültig reformiert.