Das Staatliche Vermögens- und Hochbauamt Schwäbisch Gmünd hatte anlässlich des Klosterjubiläums im Jahr 2002 Restaurierungsarbeiten in der Kirche durchgeführt. Zur Vorbereitung waren die maroden Kirchenbänke im Mittelschiff entfernt worden.
Den Schwerpunkt bildeten die Massnahmen gegen die alles durchdringende Feuchtigkeit. Deren Ursachen konnten trotz umfassender Forschung nicht zweifelsfrei ausgemacht werden. Da die Kirche diese Probleme wahrscheinlich schon seit der Erbauung hat, war ein Sanierungskonzept vereinbart worden, bei dem in einzelnen kleinen Schritten versucht werden sollte, die Feuchtigkeit wenigstens zu minimieren.
Wichtig war die konsequente Abdichtung der Kirche nach außen, d.h. vor allem die Neuverglasung der Fenster und die Entwässerung des an der Glasoberfläche auftretenden Kondensats nach außen. Die Fenster erhielten Lüftungsflügel, die motorisch betrieben werden. Gesteuert werden diese Motoren über Sensoren, die nur dann die Fenster öffnen, wenn die Außenluft trockener ist als die Innenluft.
Neben diesen Maßnahmen wurden Putzflächen überarbeitet oder neu aufgetragen, Wandmalereien gereinigt und gefestigt, ein neuer Zugang zur Kirche eingerichtet und der derzeitige Zugang mit einem Glasdach überdeckt.
Die Grabplatten der Adelsfamilie von Woellwarth aus dem 16. Jahrhundert hatten kräftig unter den ungünstigen Klimaverhältnissen gelitten. Sie wurden sorgfältig ausgebaut und lagen für etwa drei Monate in entmineralisiertem Wasser, um die im Stein enthaltenen Salze zu neutralisieren. Danach wurden sie sorgfältig restauriert und ohne Kontakt zu Fußboden und Wand auf Trennlagen wieder eingebaut.