Vor 200 Jahren veränderte die Säkularisation den deutschen Südwesten: Nach den napoleonischen Kriegen gingen Gebäude, Ländereien und Vermögen der Klöster und Bistümer in staatlichen Besitz über. Die Auswirkungen reichen bis zum heutigen Tag - für die meist leer stehenden Gebäude mussten immer wieder neue Nutzungen gefunden werden. Auch Kloster Ochsenhausen war von der Aufhebung geistlicher Einrichtungen und der Übernahme kirchlichen Eigentums betroffen.
Die Klosterherrschaft mit dem stattlichen Besitz fiel 1803 an Fürst Franz Georg von Metternich. Er garantierte das Fortbestehen von Klostergemeinschaft, Gymnasium und wissenschaftlichen Studien, zudem erweiterte er die Bibliothek beträchtlich. Die Mönche erhielten Pensionen als Lebensunterhalt: „Diese werden danach taxiert, wie lange sie noch zu leben haben“. Die fürstliche Familie zog in den Gästebau des Klosters und hielt ab Sommer 1803 Hof: Es fanden Opernaufführungen statt, musikalisch unterstützt von den Ordensmitgliedern. Ochsenhausen sollte allerdings auch dazu dienen, den enormen Schuldenberg der Metternichs abzutragen - durch rigoros gesteigerte Einnahmen oder durch Teilverkäufe.
Mit der Krönung Friedrichs II. von Württemberg 1806 fielen verschiedene Fürstentümer und Grafschaften, darunter auch Ochsenhausen, in seinen Herrschaftsbereich. Daraufhin vereidigte man die Beamten des Fürsten Metternich und die Ordensmitglieder als königliche Staatsdiener. In die Klostergebäude zogen württembergische Ämter ein. 1807 ließ König Friedrich endgültig den Konvent auflösen: Bibliothek und Sternwarte verwaisten, Gymnasium und Lehrerseminar wurden geschlossen. Pater Georg Geisenhof schreibt in seiner Chronik über den letzten Abt Romuald Weltin: „Mit blutendem Herzen verließ er das Kloster...“, in dem der Orden mehr als 700 Jahre gewirkt hatte. Königliche Kommissare übernahmen das Regiment in Ochsenhausen.
Nachdem es 1817 zu einer Heirat zwischen den Häusern Metternich und Württemberg gekommen war, verkaufte der Sohn des Fürsten Metternich 1825 Ochsenhausen für 1,2 Millionen Gulden an den König von Württemberg - mit Ausnahme des wertvollsten Inventarbestandes. Fast die gesamte bewegliche Ausstattung wie die Bibliothek und die Kunstschätze wurde in das Metternich`sche Schloss Königswart nach Böhmen gebracht. Die kostbaren Handschriften und Archivalien werden heute im Nationalmuseum in Prag verwahrt.
Seit 1843 dient das ehemalige Kloster verschiedenen Verwaltungs- und Bildungseinrichtungen: im 19. Jahrhundert als Finanzbehörde, Ackerbauschule und Waisenhaus. Im 20. Jahrhundert zog zusätzlich das Forstamt ein. In der NS-Zeit wurde eine Lehrerinnenoberschule und eine Land- und Hauswirtschaftliche Berufsschule eingerichtet. Ab 1974 gab es ein Gymnasium, später eine Hauptschule. 1988 kam die Landesakademie für die musizierende Jugend in Baden-Württemberg hinzu. Die ehemalige Klosterkirche dient der Katholischen Kirchengemeinde als Pfarrkirche. 1999 wurde ein Klostermuseum eingerichtet, das die spannende Klostergeschichte nachzeichnet.