Der Kirchenbau auf der Reichenau beschränkte sich nicht auf die Klosterkirche. Im 9. Jahrhundert, um 888, ließ Abt Hatto die dem Heiligen Georg geweihte Kirche in Reichenau-Oberzell errichten. Berühmt ist das Mittelschiff mit seinen heute noch zu bewundernden ottonischen Wandmalereien, die die einzig erhaltenen aus der Zeit vor 1000 nördlich der Alpen sind. Sie wurden wohl in der Zeit zwischen 900 und 1000 angebracht und zeigen Wundertaten Christi.
Man betritt die Kirche durch eine Vorhalle und gelangt in ein Langhaus mit flacher bemalter Holzdecke. An dieses schließen sich niedere Seitenschiffe, ein quadratischer Vierungsraum und der vier Stufen höher gelegenen rechteckigen Chor an. Über dem Eingang zur Krypta liegt eine Gruft, in der die Georgsreliquien untergebracht waren. Neben dem Mittelschiff findet man auch in weiteren Gebäudeteilen Wandmalereien, die jedoch jüngeren Datums sind.
Die Kirche St. Peter und Paul in Reichenau-Niederzell wurde im 12. Jahrhundert an der Stelle einer 799 geweihten Vorgängerkirche erbaut, ihre Osttürme entstammen dem 15. Jahrhundert, eine westliche Vorhalle erst dem 16. oder 17. Jahrhundert. Nachdem man die ältere Kirche abgebrochen hatte, errichtete man diese dreischiffige Basilika. In der halbrunden Apsis sieht man die Bemalung des 12. Jahrhunderts, einen Christus in der Mandorla und die Apostel.
Im Lauf der Jahrhunderte wurde die Kirche weiter ausgeschmückt und zeigt heute noch zahlreiche Wandmalereien in der südlichen Seitenkapelle (Passionsszenen), am nördlichen Seitenschiff, im Chor (Petrusszenen) und in der Vorhalle (Passionsszene). In den Jahren 1756/57 erfolgte die Barockisierung von St. Peter und Paul: man zog ebene Decken ein, die mit Rokokostuck verziert sind. Auch heute kann man diese barocke Phase in der romanischen Kirche noch gut ablesen.