Vor 200 Jahren veränderte die Säkularisation den deutschen Südwesten: Nach den napoleonischen Kriegen gingen Gebäude, Ländereien und Vermögen der Klöster und Bistümer in staatlichen Besitz über. Die Auswirkungen reichen bis zum heutigen Tag – für die meist leer stehenden Gebäude mussten immer wieder neue Nutzungen gefunden werden. Auch die Reichenau war von der Aufhebung geistlicher Einrichtungen und der Übernahme kirchlichen Eigentums betroffen.
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Nach fast 1100-jähriger geistlicher Herrschaft fiel die Insel Reichenau während der Säkularisation 1802 an den badischen Staat. Die umfangreiche Klosterbibliothek, die im frühen Mittelalter zu den größten Europas zählte, enthielt hochmittelalterliche Handschriften mit Miniaturmalereien von hohem künstlerischen Wert. Diese und die Bücher schaffte man in Bibliotheken nach Karlsruhe und Heidelberg. Die Klosterkirche Mittelzell wurde Pfarrkirche.
Weil die badische Verwaltung die Unterhaltungskosten nicht aufbringen wollte, kam es zwischen 1812 und 1825 zum Abbruch von einem Teil der Klostergebäude. Die kirchlichen Ländereien wurden aufgeteilt und verkauft. Als im 19. Jahrhundert mit der Entwicklung der Denkmalpflege das Interesse an der eigenen Geschichte und ihren Zeugnissen wuchs, erkannte man den Wert der Anlage als „vaterländisches Altertum“. Da auf der Reichenau keine prachtvollen barocken Neubauten errichtet wurden, hat sich bis heute ein einzigartiges Ensemble mittelalterlicher Kirchenarchitektur erhalten. Das brachte der Reichenau im Jahr 2000 die Anerkennung als Weltkulturerbe der UNESCO.