Im Jahr 1098 gründeten Mönche unter Abt Robert von Molesme ein benediktinisches Reformkloster in Cîteaux (daher der Name Zisterzienser), dem 1112 der junge Adelige Bernhard beitrat. Unter seiner Leitung gründeten 12 Mönche 1115 das Kloster Clairveaux, das sich mit allein 68 Tochterabteien schnell in ganz Europa ausbreitete. Bernhard von Clairveaux war einflussreicher Ratgeber der Mächtigen seiner Zeit und sorgte für die weit reichende Bedeutung der Zisterzienser. Typisch für den Orden waren die Einfachheit der Liturgie, die Schmucklosigkeit ihrer Kirchen und der von strengen Regeln geprägte Baustil. Die starke Betonung der Handarbeit (Ora et Labora = Bete und Arbeite) führte zu bedeutenden Leistungen auf dem Gebiet der Landkultivierung.
Der Adelige stiftete, wie viele seines Standes zu dieser Zeit, um 1157 auf seinem Besitz ein Kloster, das er dem Orden der Zisterzienser zueignete. Wolfram von Bebenburg trat selbst als Laienbruder in das Kloster ein. Seine Frau stammte aus der Familie von Berlichingen und hatte als Mitgift eben jenes Land in die Ehe mitgebracht, auf dem dann Kloster Schöntal entstand. Die Familie von Berlichingen richtete aus diesem Grund wohl im 14. Jahrhundert ihre Grablege im Kloster ein. Im frühen 15. Jahrhundert setzte man dem Stifter ein Denkmal im Laienchor der Klosterkirche.
Der Ritter Götz von Berlichingen ist in Kloster Schöntal beigesetzt, sein Grabmal steht im Kreuzgang. Obwohl er evangelischer Christ war, wurde er in der Grabstätte des katholischen Klosters begraben. Götz von Berlichingen kämpfte, bereits seit 1512 mit der Acht belegt, im Bauernkrieg auf Seite der Bauern. Er hatte 1504 im Krieg seine rechte Hand verloren und diese durch eine eiserne ersetzt. Auf seinem Grabbildnis ist er allerdings mit zwei gesunden Händen dargestellt, die metallene Faust liegt vor ihm auf der Erde. Johann Wolfgang von Goethe setzte ihm mit seinem Drama „Götz von Berlichingen mit der eisernen Hand“ 1773 ein literarisches Denkmal.
Benedikt Knittel wurde am 6. Juli 1683 zum Abt von Kloster Schöntal gewählt. Er hatte dieses Amt 49 Jahre inne und prägte das barocke Erscheinungsbild des Klosters. Der Abt ließ nicht nur die barocken Neubauten errichten, in seiner Amtszeit wurde auch die Heiliggrabkapelle auf dem Kreuzberg geschaffen. Besondere Berühmtheit erlangte Knittel für seine literarische Begabung: Er schuf eine Vielzahl lehrhafter und humorgeprägter Verse auf Lateinisch und Deutsch. Darunter sind auch sogenannte Chronogramme, deren Großbuchstaben als römische Ziffern gelesen, Jahrszahlen ergeben.