Vor 200 Jahren veränderte die Säkularisation den deutschen Südwesten: Nach den napoleonischen Kriegen gingen Gebäude, Ländereien und Vermögen der Klöster und Bistümer in staatlichen Besitz über. Die Auswirkungen reichen bis in die Gegenwart - für die meist leer stehenden Gebäude mussten immer wieder neue Nutzungen gefunden werden. Auch das Schloss Ellwangen war von der Aufhebung geistlicher Einrichtungen und der Übernahme kirchlichen Eigentums betroffen.
Als württembergische Truppen im September 1802 das Schloss besetzten, übernahm Württemberg in der Folge einen unter Fürstpropst Clemens Wenzeslaus in Verwaltung und Wirtschaft modernisierten, mächtigen Kleinstaat. Er war in dieser Zeit von allen Stiften und Abteien Württembergs das größte Herrschaftsgebiet.
Im Vorfeld der drohenden Übernahme hatte der letzte Fürstpropst Ellwangens, Clemens Wenzeslaus, in einem Schreiben mitgeteilt, er sei nicht gesonnen: „der einrückenden militärischen Gewalt den geringsten Widerstand leisten zu lassen.“ Er beabsichtigte, sich um die Versorgung der Soldaten zu kümmern: „In Gemäßheit desfalls zu treffender Verpflegungsaccorde“. Als Ausgleich ernannte Kurfürst Friedrich Ellwangen zur „Guten Stadt“, die später einen eigenen Abgeordneten in den Landtag schicken durfte.
1803 machte Kurfürst Friedrich von Württemberg Ellwangen zur Residenz Neuwürttembergs, seinem durch Mediatisierung und Säkularisation hinzugewonnen Landesteil. Der Speisesaal des ehemaligen fürstpröpstlichen Schlosses wurde zum Thronsaal Friedrich I. von Württemberg.
Mit der Vereinigung Alt- und Neuwürttembergs 1806 zum Königreich verlor Ellwangen seine Funktion als Residenzstadt und behielt dennoch, als Verwaltungsort des neuwürttembergischen Gebiets, eine zentrale Rolle. 1849 versteigerte man das gesamte Schlossinventar und verwandelte die Schlossanlage in einen Behördensitz. Aus Ellwangen wurde eine Beamtenstadt.