Nach der Plünderung im Dreißigjährigen Krieg (1618-48) widmete sich erst der Komtur Karl Heinrich Freiherr von Hornstein (1713-18) dem weiteren Ausbau von Schloss Kapfenburg. Er beschäftigte ab 1714 Franz Keller und Franz Joseph Roth, beide Baumeister des Deutschen Ordens. Unter ihrer Tätigkeit erhielt die Kapfenburg ihr heutiges Aussehen. Neben verschiedenen Ökonomiegebäuden im Vorhof errichtete man auch die Lorenzkapelle, ursprünglich als Grablege für Hornstein geplant. Der Komtur ließ die Wohngeschosse des Westernachbaus standesgemäß ausbauen und einen Terrassengarten anlegen.
Mit der Säkularisierung 1805/1806 ging die Kapfenburg in württembergischen Besitz über. Bis 1807 residierte der Sohn König Friedrichs von Württemberg, Paul von Württemberg auf der Kapfenburg. Der Deutsche Orden wurde 1809 in den Rheinbundstaaten durch Napoleon aufgehoben. In der folgenden Zeit wurden die Schlossräume zweckentfremdet bis das Land Baden-Württemberg in den Jahren 1957-62 und 1971/72 erste Restaurierungen vornahm.
Zum 800-jährigen Gründungsjubiläum des Deutschen Ordens wurde die Kapfenburg Ausstellungsort: "Vom Adelssitz zum Deutschordensschloss" zeichnete die Geschichte des bis heute unversehrten Gebäudeensembles nach. Seit 1999 nutzt die Internationale Musikschulakademie Schloss Kapfenburg die Gebäude des Schlosses. Für diesen Zweck wurden diese in zwei Bauphasen bis 2005 vom Land Baden-Württemberg grundlegend saniert und denkmalgerecht für die neue Nutzung eingerichtet.