Während der Restaurierungsarbeiten in den 90er Jahren des 20. Jahrhunderts wurden auch aus der Renaissance stammende Wandaborte wieder geöffnet. Das sind flache (Sitz-) Nischen, die mit einer kleinen Holztür wandbündig verschlossen waren. Diese mussten während der Benutzung offen bleiben, da die Beine der Benutzer in den Raum ragten. Von den Aborten führten Fallschächte in Mauerstärke in den Graben der ehemaligen Wasserburg.
Die Mergentheimer leisteten während der Säkularisierung am 13. Juni 1809 aktiven und passiven Widerstand gegen die neuen Herren aus dem Haus Württemberg: Als die Huldigungsformel öffentlich gesprochen wurde, soll niemand die Hand zum Schwur gehoben haben. Bei der Aushebung von Rekruten verprügelten die Bauern, die zum Schutz der Beamten abgestellten württembergischen Soldaten.
Herzog Paul von Württemberg ist auf einer Gouache, die im Deutschordensmuseum in Mergentheim hängt, inmitten einer Gruppe von Indianern im Gespräch am Boden lagernd dargestellt. Der Herzog hatte die Gegend um die Kansasmündung bei seinen Amerikareisen in der ersten Hälfte des 19. Jahrhunderts besucht. Hier hatte er auch Kontakt mit den Kansa-Indianern, die zum Teil auf dem Bild dargestellt sind. Dieses porträtiert sehr wahrscheinlich auch den Halbindianer Baptiste Charbonneau, den Herzog Paul 1823 mit nach Europa genommen und sechs Jahre später wieder in dessen Heimat zurückgebracht hatte.
Im April 1845 zog der 40jährige Dichter Eduard Mörike, der sich 1843 vom Pfarrberuf hatte pensionieren lassen, mit seiner Schwester Klara nach Mergentheim und wohnte dort im Haus des Oberstleutnants von Speeth, der im Sommer 1845 bereits starb. Zwischen den beiden Mörikes und der Tochter des Hauses Speeth, Margarethe, entwickelte sich eine lebhafte Freundschaft. Sieben Jahre später heirateten Margarethe und Mörike und zogen (mit Klara) nach Stuttgart, wo der Dichter eine Lehrtätigkeit am Katharinenstift aufnahm.
An M.
Ich sehe dich mit rein bewußtem Willen
-Ach leider oft den Nächsten selbst entgegen-,
Noch sanft durchglüht vom letzten Vatersegen,
Streng deines Tages Pflichtenkreis erfüllen.
Du magst so gerne unbelauscht im stillen,
Was himmlisch blüht und unverwelklich, pflegen
Und, kindlich, um das höchste Wort verlegen,
Den Reichtum deiner tiefen Brust verhüllen
Wer so dich kennet, ja, der glaubt aufs neue,
Daß Wahrheit, Tugend, Lieb und fromme Treue
Noch immer nicht von dieser Erde schieden.
Oft seh ich, wenn du trüb die Stirne senkest,
Den Stern, den du dir gar verloren denkest,
Dich überm Haupt dir stehn, - den selgen Frieden