Seit 1975 wurde an der Instandsetzung des ehemaligen Deutschordensschlosses in Mergentheim gearbeitet. Von der einstigen barocken Prachtentfaltung war nach dem Zweiten Weltkrieg und zahlreichen Umbauten und Fremdnutzungen fast nichts mehr übrig. Das ursprüngliche Sanierungsprogramm wurde mehrfach verändert, am Ende stand eine umfangreiche "große Museumslösung". Das gesamte Schloss sollte ausschließlich Museumszwecken dienen.
Zunächst wurde, nach der Sanierung des gesamten Daches 1983/84, der Ausbau des Schlosses in zwei Schritten beschlossen. Der erste war im Herbst 1994 vollzogen: der Öffentlichkeit wurden die Ausstellungsbereiche Stadtgeschichte, Adelsheim-Sammlung und Puppenstuben-Sammlung übergeben. Im Frühjahr 1996 waren auch die umfangreichen Arbeiten an der Abteilung über die Geschichte des Deutschen Ordens abgeschlossen.
Ziel der Restaurierung, die seit 1989 23,7 Millionen Mark (ohne Schlosskirche) gekostet hatte, war es, die Spuren der vielfältigen Vergangenheit des Schlosses zu erhalten. Dort, wo sich Veränderungen aus unterschiedlichen historischen Phasen erhalten haben, weisen "Fenster der Geschichte" die Besucherinnen und Besucher auf die Zeugnisse vergangener Epochen hin.
So findet man auf dem Rundgang die Gewölbeansätze des gotischen Kapitelbaus oder die gotischen Fensterarkaden des staufischen Palas (Wohn- und Saalbau). Im Westflügel stellten die Restauratoren Dekormalereien mit Blumenranken und Medaillons aus der Zeit um 1800 wieder her. Zwei Originalausschnitte in verblassten Farben wurden erhalten.
Der jahrhundertealte Bau barg so manche Überraschung für die Fachleute: Vier prächtige Stuckdecken in der Alten Fürstenwohnung aus der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts kamen, überraschend feingestaltet, unter bis zu 32 Farbschichten aus 250 Jahren zum Vorschein.